Dieser Begriff beschreibt eine Reaktion des Immunsystems auf Strukturen des eigenen Körpers, die als Antigene – körperfremde "Eindringlinge" – angesehen werden. Dabei werden Antikörper gegen körpereigenes Gewebe gebildet (Autoantikörper). Diese können sich auf ein bestimmtes Organ beschränken oder im ganzen Organismus auftreten, wie z. B. bei der rheumatoiden Arthritis.